El menú escolar es elaborado por el Departamento de Nutrición, tomando en cuenta los requerimientos nutricionales de los grupos de edad atendidos por el INABIE y basados en el objetivo institucional de servir una alimentación saludable y nutricionalmente adecuada. Es un menú cíclico, que incluye todos los grupos de alimentos distribuidos en 25 combinaciones de platos, distribuidos en 5 semanas, con lo cual se garantiza la variedad y a su vez que los escolares puedan recibir los nutrientes necesarios.

Existen 3 menús regionalizados con la finalidad de incluir algunas variantes típicas de algunas regiones del país y de esta forma respetar costumbres y hábitos alimentarios, así como la disponibilidad de los productos e insumos característicos de las regiones.

Es objetivo del programa de alimentación escolar, acompañar el menú de acciones y de un programa de educación alimentaria y nutricional que contribuya a instaurar hábitos alimentarios saludables en la población escolar y en la comunidad educativa. Escolares bien nutridos son garantía de un mayor rendimiento académico y una menor incidencia de enfermedades crónicas a corto, mediano y largo plazo.