Este Departamento realiza una serie de actividades con fines de garantizar un mejor aprovechamiento nutricional de los escolares, así como la prevención de enfermedades, tales como la Campaña Nacional de Desparasitación, desarrollada conjuntamente con el Ministerio de Salud Pública, el Ministerio de Educación y el respaldo de la Organización Mundial de la Salud (OMS); programas para crear el hábito del lavado de las manos; talleres sobre manipulación de alimentos, comunidad educativa, padres y amigos de la escuela; actividades sobre salud preventiva en enfermedades como dengue y cólera; así como la atención directa a niños y niñas en materia de salud bucal, visual, auditiva y psicológica.